Научная деятельность Института электронных и информационных систем осуществляется на 10 кафедрах и в 15 специализированных учебно-научных центрах и лабораториях. Кроме этого преподаватели и сотрудники института участвуют в организации и деятельно­сти малых инновационных предприятий, входящих в инновационно-технологический комплекс университета. На сегодняшний день создано и функционируют 12 таких предприятий, программы развития которых соответствуют  направлениям научной деятельности ИЭИС.

Одним  из показателей эффективности научной деятельности служит  объем НИР, выполненных за год. Так в 2010г. объем  НИР, выполненных в учебно- научных подразделениях ИЭИС, составил более 80 млн. руб., малые инновационные предприятия реализовали свои разработки на сумму более 55 млн. руб. Таким образом, вклад научных исследований и разработок ИЭИС в общем объеме НИР университета достигает 90 процентов. Сравнительный анализ научной деятельности различных подразделений университета представлен на диаграмме.

В научно-исследовательской деятельности института принимают участие аспиранты и студенты. В 2010г. более 15 аспирантов и 30 студентов ИЭИС являлись соисполнителями НИР на платной основе. Администрация института уделяет пристальное внимание НИРС, считая её необходимым этапом в подготовке квалифицированных инженеров. С этой целью пропагандируются и проводятся различные конкурсы и конференции научных работ аспирантов и студентов, олимпиады по дисциплинам физико-математической и инженерной подготовки. Так в 2010г. проведены 11 региональных олимпиад, команды студентов ИЭИС успешно участвовали в зональных олимпиадах по информатике и прикладной математике, теоретическим основам электротехники, проводившимся в ведущих ВУЗах Санкт-Петербурга. Команда студентов ИЭИС неоднократно становилась призером Международной олимпиады по вычислительной технике.

Научно исследовательская  работа студентов (НИРС) в основном проводится на кафедрах и научных лабораториях института. Часть научно исследовательских и опытно конструкторских работ выполняется студентами в студенческом конструкторском бюро «Поиск». Первоначально такое подразделение было организовано на радиотехническом факультете НПИ в 1975 г., в 1984г. приказом ректора НПИ на базе СКБ РТФ было создано СКБ НПИ «Поиск», а в 2000г. СКБ «Поиск» получило  общеуниверситетский статус. С тех пор в работе СКБ приняли участие более 90 студентов, в основном обучавшихся в ИЭИС.

Чтобы оценить масштабы НИРС в целом, осуществляемых в ИЭИС, приведем некоторые показатели за 2010 год:

216 докладов представлено на XII научной конференции преподавателей, аспирантов и студентов НовГУ.

127 научных работ аспирантов, молодых ученых и студентов представлено на Всероссийский конкурс . по направлению «Стратегическое партнерство вузов и предприятий радиоэлектронной промышленности». 12 работ стали призерами регионального этапа конкурса и рекомендованы для опубликования сборнике научных трудов, вышедшем в С.-Петербурге. В их числе конкурсные работы аспирантов и молодых ученых, участвовавших в финальном туре конкурса:

1. Хаймин Александр Викторович, аспирант, «Синтез изображений с применением алгоритмов на основе порядковых статистик и вейвлет-преобразования»- номинация  Радиотехника и телекоммуникации

2. Платонов Сергей Владимирович, аспирант, « Исследование стойкости малошумящего усилителя диапазона частот 3-8 ГГц с защитой входных каскадов от воздействия входной СВЧ мощности» - номинация Проектирование и технология р-э. средств

3.Павлов Денис Викторович аспирант, «Апробация алгоритма стабилизации пространственного движения  сканирующей  оптико-электронной  системы»  – номинация Информационно-технические системы и комплексы.

4. Желаннов Андрей Владимирович, инженер, «Структура и свойства омических контактов Ti/Al/Ni/Au и Ni/Au к эпитаксиальным слоям нитрида галлия»–номинация Элементная база радиоэлектроники, микроэлектроника.

5. Ласткин Валентин Александрович, инженер, «Кремниевые УФ приемникис низкой чувствительностью в длинноволновыой областим спектра» –номинация Элементная база радиоэлектроники, микроэлектроника.

Два участника финального тура Желаннов А.В. и Платонов С.В стали призерами Всероссийского этапа конкурса.

С каждым годом увеличивается число участников и обладателей грантов другого Всероссийского конкурса, проводимого Фондом содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере, по программе «Участие молодежи в научно инновационном конкурсе» (У.М.Н.И.К). Так в 2011г., на этот конкурс, проводимый фондом  в пятый раз, студентами, аспирантами и выпускниками ИЭИС представлено 25 научно-технических разработок  из общего числа  33 по Новгородской области. Поддержку фонда на сей раз получили 10 питомцев и выпускников ИЭИС.